Като селище Батак е съществувал много по-рано от времето на потурчване на чепинското корито, когато там се преселили корави и юначни българи, за да запазят своята вяра, да намерят спасение и съхранение във вековните гори на Родопа. По време на насилственото помохамеданчване тук прииждат цели родове от Серско, Драмско, Неврокопско и Македония.
  
  Църквата "Света Неделя" е съградена през 1813 г., много преди християнското население в Османската империя да получи по-големи свободи за изграждане на нови храмове. Според легендата батачани успели да измолят от пловдивския паша да построят малка църква. Той се съгласил, но им поставил условие тя да бъде издигната само за 3 месеца, като се надявал, че няма да успеят. Баташкото население мобилизирало всичките си сили и построило храма с доброволен труд само за 75 денонощия. Историческата значимост на този паметник обаче, идва от събитията, които са се случили в него по време на Априлското въстание."
  
  В хода на Априлското въстание църквата "Света Неделя" се оказва последната крепост на разбунтувалите се батачани. Дали защото е била най-масивната сграда (тя е изградена изцяло от камък, със здрави дъбови врати и е опасана с висока каменна ограда), или затова, че са се надявали на Божията милост и не са допускали, че може да се посегне на храма, в нея се събрали около 2 хиляди души, предимно жени, деца и старци.
  
  Три денонощия продължила защитата на църквата, като през цялото време стрелбата не спирала нито за миг. За да принудят батачани да се предадат, вътре пускали кошери с пчели и запалена слама с газ. Въздухът не достигал и повечето от хората загинали от задушаване. Най-мъчителна за всички била жаждата, тъй като в района на църквата нямало вода. За да наквасят устните на жадните си рожби, майките използвали зехтина от кандилата пред иконите, а когато и той свършил, започнали да квасят устата на децата си с кръвта на избитите. Старец дал съвет да започнат да копаят земята, за да търсят подпочвена вода. За съжаление пролетта се случила много суха и не се появила и капка вода. След три денонощия в адски мъки, останалите живи решили да търсят спасение навън. Отворили вратите, но там ги чакали жадните за кръв хора на Ахмед ага Барутанлията. Батачани били изправени пред избора да приемат исляма или да загинат на дръвника. Всички загинали, всички с християнска вяра...
  
  Веднага след събитията по време на Априлското въстание е направен опит за опожаряване на църквата. Спасява я това, че е изградена от камък. Като архитектурна структура тя е запазена такава, каквато е била. Изгаря само дървеният иконостас.
  
  Забележителен е фактът, че в църквата се е служело не на гръцки, а само на църковнославянски език и проповедите били изнасяни на български. Църквата се е смятала за самостоятелна и независима много по-рано от решаването на църковния въпрос от турците в национален мащаб.
  
  След Освобождението църквата "Света Неделя" престава да се използва за богослужение. Батачани решават, че тя трябва да се запази като паметник на загиналите по време на Априлското въстание. През 1955 г. църквата е обявена за държавен музей и се превръща в едно от най-посещаваните исторически места в България. Батачани казват, че храмът, който не впечатлява с висока архитектурна стойност или със стенописни украси, се превръща "в малката църква на Батак, в която влизаш с наведена глава и голямата църква на България, от която излизаш с вдигната глава".